如何用mega做多重序列比對(duì)分析？Mega5構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹NJ和MP。鄰接距離矩陣（NJ）是構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹最常用的方法。它可以快速構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，也適合于大數(shù)據(jù)集的分析，可以快速進(jìn)行自擴(kuò)展測(cè)試，但缺點(diǎn)

如何用mega做多重序列比對(duì)分析？

Mega5構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹NJ和MP。鄰接距離矩陣（NJ）是構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹最常用的方法。它可以快速構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，也適合于大數(shù)據(jù)集的分析，可以快速進(jìn)行自擴(kuò)展測(cè)試，但缺點(diǎn)是分析的進(jìn)化距離不能太大。最大簡(jiǎn)約法在處理核苷酸替換時(shí)不需要距離法或似然法的假設(shè)，因此在序列離散度較低時(shí)，最大簡(jiǎn)約法可以得到更可靠的系統(tǒng)發(fā)育樹。

序列比對(duì)需要一樣長(zhǎng)么？在使用mega4.0對(duì)比的時(shí)候，需要序列一樣長(zhǎng)么，如果需要那么怎么修改已測(cè)序列呢？

比較的時(shí)間應(yīng)該不同。在分析距離或系統(tǒng)樹時(shí)，可以選擇完全或成對(duì)刪除間隙/缺失數(shù)據(jù)項(xiàng)。

應(yīng)該刪除引物序列，因?yàn)樗俏覀冏约涸O(shè)計(jì)的。

設(shè)計(jì)引物的時(shí)候，我比對(duì)氨基酸序列，由于保守性很高，老師讓我用核苷酸序列比對(duì)？

我們需要設(shè)計(jì)退化引物，對(duì)嗎？

最好使用CDs序列進(jìn)行比對(duì)，然后根據(jù)保守區(qū)域設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物。CDs兩端的非翻譯區(qū)在種間差異較大，不適合設(shè)計(jì)引物。

從每個(gè)物種獲得的CD應(yīng)制作成FASTA格式，序列應(yīng)制作成純序列格式，沒有任何其他字符。然后與比較軟件進(jìn)行比較，如mega、dnaman或vector-NTI。

我們可以通過在比較結(jié)果中找到非常保守的區(qū)域來設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物。

設(shè)計(jì)的簡(jiǎn)并引物可根據(jù)經(jīng)驗(yàn)公式自行計(jì)算TM值。別擔(dān)心得分。因?yàn)槟阒荒茉诒Ｊ氐貐^(qū)設(shè)計(jì)引物。

這是DNA序列比對(duì)。有保守區(qū)和非保守區(qū)。在我看來，底漆的3“端應(yīng)該位于最保守的區(qū)域。

怎樣對(duì)DNA多重序列比對(duì)結(jié)果分析？

你的工作應(yīng)該是在一個(gè)物種中找到一個(gè)基因的直系同源，然后做進(jìn)化樹。有許多軟件可以做多重序列比對(duì)。我在dnaman中使用比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)比對(duì)。我想給你推薦一些軟件。一個(gè)是clustalx，另一個(gè)是Mega。兩種軟件都可以用于蛋白質(zhì)多序列比對(duì)，而后者功能更強(qiáng)，也可以用于進(jìn)化樹分析。將從NCBI找到的所有CD導(dǎo)入軟件（通常，蛋白質(zhì)序列用于同源性分析）。然后與軟件進(jìn)行比較。結(jié)果可以以各種形式輸出，如FASTA或其他格式。我在這里不多談這個(gè)軟件的用法。我得看一下特別手冊(cè)。如果你還是不明白，給我留言