設計引物的時候，我比對氨基酸序列，由于保守性很高，老師讓我用核苷酸序列比對？我們需要設計退化引物，對嗎？最好使用CDs序列進行比對，然后根據(jù)保守區(qū)域設計簡并引物。CDs兩端的非翻譯區(qū)在種間差異較大，不

設計引物的時候，我比對氨基酸序列，由于保守性很高，老師讓我用核苷酸序列比對？

我們需要設計退化引物，對嗎？

最好使用CDs序列進行比對，然后根據(jù)保守區(qū)域設計簡并引物。CDs兩端的非翻譯區(qū)在種間差異較大，不適合設計引物。

從每個物種獲得的CD應制作成FASTA格式，序列應制作成純序列格式，沒有任何其他字符。與DNI、vector或其他工具（如atmen）進行比較。

我們可以通過在比較結果中找到非常保守的區(qū)域來設計簡并引物。

設計的簡并引物可根據(jù)經驗公式自行計算TM值。別擔心得分。因為你只能在保守地區(qū)設計引物。

這是DNA序列比對。有保守區(qū)和非保守區(qū)。在我看來，底漆的3“端應該位于最保守的區(qū)域。