如何進(jìn)行引物設(shè)計(jì)？如果這對(duì)通用引物沒(méi)有信號(hào)，就意味著這兩個(gè)位置有SNP，導(dǎo)致沒(méi)有擴(kuò)增。可以參考幾種方法。1：你可能知道這種細(xì)菌的種類(lèi)和屬，所以去NCBI找到相關(guān)種類(lèi)的16S序列，做序列比對(duì)，設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引

如何進(jìn)行引物設(shè)計(jì)？

如果這對(duì)通用引物沒(méi)有信號(hào)，就意味著這兩個(gè)位置有SNP，導(dǎo)致沒(méi)有擴(kuò)增。可以參考幾種方法。

1：你可能知道這種細(xì)菌的種類(lèi)和屬，所以去NCBI找到相關(guān)種類(lèi)的16S序列，做序列比對(duì)，設(shè)計(jì)簡(jiǎn)并引物，擴(kuò)增全長(zhǎng)，然后測(cè)序。

2：你根本不了解物種。你可以在網(wǎng)上找到更多的入門(mén)知識(shí)。最好放大v3v4區(qū)或V4區(qū)。在放大了其中一些之后，你可以對(duì)它們進(jìn)行排序和比較。一般來(lái)說(shuō)，你可以確認(rèn)屬，然后按照1的方法。

3:如果部分序列可以通過(guò)方法2擴(kuò)增，但全長(zhǎng)引物未能擴(kuò)增，則將獲得的部分序列用作race。

4:以上所有操作均失敗。第二代的DNA被提取和測(cè)序，基因組被直接測(cè)量（如果你認(rèn)為成本太高，你可以減少數(shù)據(jù)量進(jìn)行比較）。

win the race是什么意思？

當(dāng)我們只知道一個(gè)基因mRNA的中間序列，而不知道全長(zhǎng)序列時(shí)，所有的PCR擴(kuò)增方法都包括3“末端競(jìng)爭(zhēng)和5”末端競(jìng)爭(zhēng)。3′端序列是通過(guò)已知的中間片段序列設(shè)計(jì)上游引物，通過(guò)3′聚（a）尾序列引入下游引物序列，然后進(jìn)行PCR得到從已知序列到3′端的全長(zhǎng)序列；5′端序列是通過(guò)已知的中段序列設(shè)計(jì)下游引物，通過(guò)5′端引入上游引物序列，然后進(jìn)行PCR，得到從已知序列到5′端全長(zhǎng)序列的全長(zhǎng)序列。獲得了該基因的全長(zhǎng)序列。